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山羊地方性鼻内肿瘤病毒(ENTV-2)SYBR-Green Ⅰ 实时荧光定量PCR检测方法的建立与应用

张靖鹏, 江锦秀, 林裕胜, 游伟, 刘道泉, 毛坤明, 江斌, 胡奇林

张靖鹏,江锦秀,林裕胜,等. 山羊地方性鼻内肿瘤病毒(ENTV-2)SYBR-Green Ⅰ 实时荧光定量PCR检测方法的建立与应用 [J]. 福建农业学报,2021,36(7):779−784. DOI: 10.19303/j.issn.1008-0384.2021.07.007
引用本文: 张靖鹏,江锦秀,林裕胜,等. 山羊地方性鼻内肿瘤病毒(ENTV-2)SYBR-Green Ⅰ 实时荧光定量PCR检测方法的建立与应用 [J]. 福建农业学报,2021,36(7):779−784. DOI: 10.19303/j.issn.1008-0384.2021.07.007
ZHANG J P, JIANG J X, LIN Y S, et al. A SYBR-Green RT-qPCR Assay for Detecting Enzootic Nasal Tumor Virus in Goats [J]. Fujian Journal of Agricultural Sciences,2021,36(7):779−784. DOI: 10.19303/j.issn.1008-0384.2021.07.007
Citation: ZHANG J P, JIANG J X, LIN Y S, et al. A SYBR-Green RT-qPCR Assay for Detecting Enzootic Nasal Tumor Virus in Goats [J]. Fujian Journal of Agricultural Sciences,2021,36(7):779−784. DOI: 10.19303/j.issn.1008-0384.2021.07.007

山羊地方性鼻内肿瘤病毒(ENTV-2)SYBR-Green Ⅰ 实时荧光定量PCR检测方法的建立与应用

基金项目: 福建省科技重大专项(2019NZ09007);福建省科技计划公益类专项(2018R1023-1)
详细信息
    作者简介:

    张靖鹏(1988−),男,硕士,研究实习员,主要从事动物传染病研究(E-mail:870063543@qq.com)

    通讯作者:

    胡奇林(1963−),男,研究员,主要从事动物传染病学和免疫学研究(E-mail:hql562713@163.com

  • 中图分类号: S 852.62

A SYBR-Green RT-qPCR Assay for Detecting Enzootic Nasal Tumor Virus in Goats

  • 摘要:
      目的  建立一种快速、敏感的ENTV-2检测方法,用于ENT的早期诊断与流行病学调查。
      方法  通过生物信息学的方法将ENTV-2与ENTV-1、ERVs、JSRV进行比对,寻找ENTV-2的保守序列并设计1对特异性引物,建立SYBR-Green Ⅰ 实时荧光定量PCR检测方法,对所建立的PCR反应条件进行优化,将PCR扩增产物连接T载体构建的阳性质粒作为标准品,对SYBR-Green Ⅰ 实时荧光定量PCR检测方法的特异性、敏感性和重复性进行验证。
      结果  建立的检测ENTV-2 qPCR 方法标准曲线呈现良好的线性关系(R2 =0.992);该方法的特异性良好,对ENTV-2可以产生特异性扩增曲线,与ENTV-2高度同源的ERVs没有交叉反应,也无法扩增羊口疮病毒(ORFV)、绵羊肺炎支原体(Mo)、丝状支原体山羊亚种(Mmc)等常见病原;敏感性良好,最低检测限度为7.5×102 copies·μL−1,敏感性可达常规PCR检测方法的100倍;批内、批间的变异系数CV<1%,重复性良好;对81份临床样品的阳性检出率为17.3%。
      结论  建立的SYBR-Green Ⅰ 实时荧光定量PCR方法特异性良好,敏感性较高,重复性良好,为山羊地方性鼻内肿瘤的早期、快速检测提供了技术支持。
    Abstract:
      Objective  A rapid, sensitive detection method for early diagnosis and epidemiological survey on enzootic nasal tumor (ENT) in goats was established.
      Method  Bioinformatics methods were employed for sequence alignment of ENTV-2 with ENTV-1, ERVs, and JSRV in search for the conserved sequence of the virus. Primers for qPCR were designed to establish a SYBR-Green I RT-qPCR methodology for its detection. Reaction conditions were optimized, and a standard positive plasmid used to determine the specificity, sensitivity, and reproducibility of the newly developed assay.
      Result  A linear standard curve was found for the detection with a R2=0.992. The method specifically detected only ENTV-2, not the highly homologous ERVs, nor amplified ORFV, MO, or Mmc. It showed a detection sensitivity of up to 7.51×102 copies·μL−1, which was 100 times greater than the conventional PCR can deliver, a repeatability with a coefficient variations (CV) of less than 1% on intra- and inter-batch tests, and a positive detection rate of 17.3% on 81 clinical samples.
      Conclusion  The newly established SYBR-Green I RT-qPCR was specific, sensitive, repeatable, and considered adequate for early and rapid detection of ENTV-2 in goats.
  • 【研究意义】海带(Laminaria japonica Aresch)又名纶布、昆布,素有“海上之蔬”、“含碘冠军”的美誉,是我国重要的经济海藻,产量位居世界首位[1]。海带虽然价格低廉,但富含碘、甘露醇、维生素A、维生素B族、维生素C、牛磺酸、多糖等功效成分[2],海带含有多种生物活性物质,如海带多糖、昆布氨酸、牛磺酸等,其中海带多糖具有调节免疫、抗肿瘤、抗凝血、抗氧化、降血脂(糖)等独特的功效,在食品、医药、化妆品、农业等方面都具有广阔的应用前景[3-4]。采用自然日晒方法将海带加工成干制品是海带加工的主要方式,但自然日晒方法受自然环境因素的影响,存在易霉变及活性成分损失大等问题,成品品质良莠不齐。因此研发可提高海带干制品质量的现代干燥技术具有重要意义。【前人研究进展】干燥方法会影响干制产品的质量,同样的原料采用不同的干燥方法可以生产出品质完全不同的产品[5]。微波具有穿透性,因此真空微波干燥技术可以有效控制生鲜食品干燥过程的干缩,提高干制品的复水速率和复水比[6],减少多糖等功效成分的损失,并提高其抗氧化活性[7];微波辅助提取技术也可以提高多糖等功效成分的提取率[8];而且不同的微波功率密度对于物料干燥特性和蛋白质等营养成分保留率都有较大的影响[9-10]。【本研究切入点】已有研究表明微波处理可以提高海带多糖的提取率[11],而且真空微波应用于海带干燥加工可以有效改善干制品的复水性等品质指标[6];然而关于干燥加工,特别是不同微波功率密度的真空微波干燥对海带多糖的影响还未见报道。【拟解决的关键问题】本研究采用自然日晒、热风干燥、真空干燥,以及两种不同微波功率密度真空微波-真空组合干燥5种方法对新鲜海带进行干燥,研究不同干燥方法对海带多糖的得率及其特性的影响,旨在为获取高品质海带的干燥方法提供理论依据。

    新鲜海带由莆田市后海垦区现代农业发展有限公司提供。

    RX-16ZK多功能真空微波干燥箱(带电热管加热功能,广州荣兴工业微波设备有限公司产品),DHG-9070A 型电热恒温鼓风干燥箱(上海一恒科技有限公司),NDJ-8S 型数显黏度计(上海菁海仪器有限公司),UV-1900紫外可见分光光度计(上海翱艺仪器有限公司)等。

    新鲜海带用自来水洗净,切除根部及周边较薄部分,切成1 cm×5 cm规格的海带条,沥去表面水分后用保鲜袋包装,置于5℃冰箱冷藏备用。

    (1)2 W·g−1真空微波-真空组合干燥(VM-VD1)

    2 000 g鲜海带条以厚度约0.6 cm薄层平铺于带硅胶垫的聚四氟乙烯盘内,在微波功率4 kW、压力−0.085~−0.090 MPa、温度(50±2)℃条件下干燥至海带条含水量30%左右,关闭微波,开启电热管,继续在压力−0.085~−0.090 MPa、电热管功率8 kW、温度(60±2)℃条件下干燥至终点。

    (2)4 W·g−1真空微波-真空组合干燥(VM-VD2)

    微波功率改为8 kW,其余同1.3.2(1)。

    (3)真空干燥(VD)

    2 000 g鲜海带条以厚度约0.6 cm薄层平铺于带硅胶垫的聚四氟乙烯网盘上,在压力−0.085~−0.090 MPa、电热管功率8 kW、温度(60±2)℃条件下干燥至终点。

    (4)热风干燥(AD)

    2 000 g鲜海带条以厚度约0.6 cm薄层平铺于带硅胶垫的聚四氟乙烯网盘上,置于预热到设定温度的恒温鼓风干燥箱内,在温度(60±1)℃、开启鼓风开关的条件下干燥至终点。

    (5)自然日晒(ND)

    2 000 g鲜海带条以厚度约0.6 cm薄层平铺于带硅胶垫的聚四氟乙烯网盘上,白天置于阳光强烈照射的通风处,夜晚收至室内,晒3 d后至终点。

    海带条水分含量低于8%为干燥终点,将不同干燥方法制备的干海带条粉碎至80目备用。

    (1)海带多糖制备及多糖得率测定

    海带多糖的提取参考余华等的方法[12],称取一定重量的海带粉,加25倍蒸馏水于90℃水浴提取6 h,混合液冷却后5 000 r·min−1离心15 min,沉淀中加入海带粉15倍蒸馏水重复提取1次,合并上清液,浓缩至原体积的1/5,加入浓缩液5倍体积的95%乙醇,5℃静置过夜,5 000 r·min−1离心5 min,沉淀冷冻干燥得到海带粗多糖。海带粗多糖用蒸馏水配制成2.0 mg·mL−1的海带粗多糖溶液备用。

    多糖含量采用苯酚-硫酸比色法[13]测定。吸取l.0 mL海带粗多糖溶液于具塞试管中,加入1.0 mL 6%苯酚溶液,摇匀后加入5.0 mL浓硫酸,混匀后沸水浴10 min,冷却至室温,于490 nm处测吸光值。以葡萄糖标准品作标准曲线,计算多糖含量。

    海带多糖得率%海带粗多糖质量海带干粉质量×多糖含量×100%

    (2)海带多糖硫酸根含量的测定

    采用明胶-氯化钡法测量[14]。称取一定重量的冻干海带粗多糖样品(约20 mg),加入15 mL浓HCl和4.5 mL浓HNO3硝化至微黄色止,消化液定容到50 mL,取2.5 ml硝化液,加入2.5 ml 明胶-氯化钡溶液混匀,静置15 min,于360 nm处测定吸光值。以硫酸钾标准品作标准曲线,计算海带多糖样品中硫酸根含量。

    (3)海带多糖黏度的测定

    用蒸馏水配制20.0 mg·mL−1的海带粗多糖溶,在20±2℃条件下,选用旋转黏度计2号转子,转速30 r·min−1测定海带多糖黏度。

    (4)海带多糖清除羟自由基(·OH)活性的测定

    参考孙玉军等的方法[15],在4 mL海带多糖溶液中,分别加入9 mmol·L−1 FeSO4、9 mmol·L−1水杨酸-乙醇溶液和8.8 mmol·L−1 H2O2各0.5 mL,在37℃下反应0.5 h,以蒸馏水代替海带多糖溶液作为空白对照,于510 nm波长处测吸光度值。

    清除率计算公式:

    OH清除率%=A0AA0×100%

    式中:A0为空白对照管的吸光度值;

    A为样品管的吸光度值。

    (5)海带多糖清除超氧阴离子自由基(O2·)活性的测定

    参考孙玉军等的方法[15],吸取50 mmol·L−1、pH 8.0的Tis-HCl缓冲液4.5 mL,25℃水浴20 min,加入4.0 mL海带粗多糖溶液和0.1 mL 25 mmol·L−1邻苯三酚溶液(以10 mmol·L−1的HCl配制),混匀,25℃反应5 min,加入1 mL 8 mol·L−1HCl终止反应,以Tis-HCl缓冲液代替样品作为空白对照,在300 nm波长处测定吸光度值。

    清除率计算公式:

    O2清除率%=A0AA0×100%

    式中:A0空白对照管的吸光度值;

    A为样品管的吸光度值。

    所有试验均重复3次,结果取平均值±标准差表示,采用Origin 8.5和SPSS 24软件进行数据处理。

    不同干燥方法对海带多糖的得率(图1)有显著影响(P<0.05);多糖得率由小到大的顺序依次为:自然日晒、热风干燥、真空干燥、2 W·g−1真空微波-真空组合干燥、4 W·g−1真空微波-真空组合干燥。即采用自然日晒海带的多糖得率最低,为7.87%;而采用4 W·g−1真空微波-真空组合干燥海带的多糖得率最高,为13.83%。该结果表明,不同干燥方法会显著影响海带多糖的得率,其中自然日晒会导致海带多糖有较大的损失;而较高的微波功率密度(4 W·g−1)有利于提高海带多糖得率。

    图  1  干燥方法对海带多糖得率的影响
    注: 图柱顶部不同小写字母表示处理间差异显著(P<0.05)。
    Figure  1.  Effect of drying methods on polysaccharide content in dried L. japonica
    Note: Data with different lowercase letters on top of a column indicate significant differences among treatments at P<0.05.

    不同干燥方法对海带多糖SO42−含量的影响见图2。海带多糖SO42−含量由小到大的顺序依次为:自然日晒、热风干燥、真空干燥、4 W·g−1真空微波-真空组合干燥、2 W·g−1真空微波-真空组合干燥。采用自然日晒海带的多糖SO42−含量最低,为5.71%,明显低于其他方法干燥海带的多糖SO42−含量(P<0.05);而采用2 W·g−1真空微波-真空组合干燥海带的多糖SO42− 含量最高(8.79%),明显高于自然日晒、热风干燥和真空干燥的海带样品(P<0.05),但与4 W·g−1微波功率密度的真空微波-真空组合干燥海带的多糖SO42−含量差异不显著(P>0.05)。

    图  2  干燥方法对海带多糖SO42-含量的影响
    注:图柱顶部不同小写字母表示处理间差异显著(P<0.05)。
    Figure  2.  Effect of drying methods on SO42− content of polysaccharide in dried L. japonica
    Note: Data with different lowercase letters on top of a column indicate significant differences among treatments at P<0.05.

    黏度可以粗略反映出多糖的组分及分子量情况,对于相同浓度的海带多糖溶液,多糖分子量大则其黏度高,反之则低。由图3可以看出,采用真空干燥和热风干燥海带的多糖黏度显著高于自然日晒和两种真空微波-真空组合干燥海带的多糖黏度(P<0.05);而采用4 W·g−1真空微波-真空组合干燥海带的多糖黏度最低。相对热风干燥和真空干燥,自然日晒海带的多糖黏度较低,说明海带在自然日晒过程中其多糖降解率较高;两种真空微波-真空组合干燥海带的多糖黏度较低,而且较高的微波功率密度(4 W·g−1)组合干燥海带的多糖黏度显著低于较低的微波功率密度(2 W·g−1)组合干燥海带的多糖黏度(P<0.05),说明微波干燥会导致海带多糖的降解,而且微波功率密度越高其降解作用越强。

    图  3  干燥方法对海带多糖黏度的影响
    注:图柱顶部不同小写字母表示处理间差异显著(P<0.05)。
    Figure  3.  Effect of drying method on viscosity of polysaccharides in dried L. japonica
    Note: Data with different lowercase letters on top of a column indicate significant differences among treatments at P<0.05.

    不同干燥方法对海带多糖清除羟自由基和超氧阴离子自由基活性的影响分别见图4图5。其清除率由大到小的顺序均为:2 W·g−1真空微波-真空组合干燥、4 W·g−1真空微波-真空组合干燥、真空干燥、热风干燥、自然日晒。该结果表明,干燥方法对海带多糖的体外抗氧化活性有显著的影响(P<0.05);自然日晒会导致海带多糖的体外抗氧化活性大幅降低;相对于热风干燥,真空干燥可减缓海带多糖体外抗氧化活性的损失;真空微波-真空组合干燥海带多糖的体外抗氧化活性较高,而且较高的微波功率密度(4 W·g−1)干燥的海带多糖体外抗氧化活性较低(P<0.05),说明较高的微波功率密度会造成海带多糖体外抗氧化活性的损失。

    图  4  干燥方法对海带多糖清除羟自由基(·OH)能力的影响
    注:图柱顶部不同小写字母表示处理间差异显著(P<0.05)。
    Figure  4.  Effect of drying methods on hydroxyl radical scavenging activity of polysaccharide in dried L. japonica
    Note: Data with different lowercase letters on top of a column indicate significant differences among treatments at P<0.05.
    图  5  干燥方法对海带多糖清除超氧阴离子自由基(O2·)能力的影响
    注:图柱顶部不同小写字母表示处理间差异显著(P<0.05)。
    Figure  5.  Effect of drying methods on superoxide anion radical scavenging activity of polysaccharide in dried L. japonica
    Note: Data with different lowercase letters on top of a column indicate significant differences among treatments at P<0.05.

    多糖是生物体内普遍存在的一类生物大分子,具有特殊的生物活性;干燥过程会导致多糖的损失,而且干燥温度越高、时间越长,损失率越高[16]。自然日晒海带的多糖得率、SO42−含量、黏度和体外抗氧化活性低于热风干燥和真空干燥样品,应该是由于受阳光中紫外线及环境中微生物等因素的影响而导致海带多糖发生降解所致。相对于热风干燥,真空干燥可保持海带较低的品温,从而减少多糖的损失;段梦颖等[17]研究也发现真空干燥的聚合草多糖得率、SO42−含量、黏度均高于热风干燥样品。真空微波-真空组合干燥海带的多糖得率、SO42−含量和抗氧化活性较高,而黏度较低,这可能是由于微波干燥时间短,多糖损失少,但微波对多糖具有降解作用所致[18]。对于两种不同微波功率密度的真空微波-真空组合干燥,增大微波功率密度虽然可以提高海带多糖的得率,但也会降低多糖的SO42−含量、黏度和体外抗氧化活性,这是由于较高的微波功率密度对海带细胞结构的破坏作用较强,有利于胞内多糖的溶出[19],从而提高其得率,但也会导致海带多糖因过度降解而损失。

    从海带中提取的粗多糖主要包括褐藻胶、褐藻糖胶和褐藻淀粉,其中褐藻糖胶是一种硫酸多糖,也是海带多糖中主要的生物活性成分[20],因此硫酸根含量是考察海带多糖生物活性的重要指标之一[21]。此外,多糖的生物活性与其分子量及其分布有关[22],而黏度可以粗略地反映出多糖的组分及分子量情况。多糖分子量大则黏度高,而黏度过高不利于多糖在体内的扩散和吸收,会降低其生物活性,因此对多糖进行适度降解,有利于提高其生物活性[23]

    真空微波-真空组合干燥技术可以有效减少干燥过程海带多糖的损失,但微波会导致海带多糖的降解,而且微波功率密度越高,其降解作用越强。因此,只有适宜微波功率密度的真空微波-真空组合干燥才是生产高品质海带干制品的有效途径。

  • 图  1   ENTV-2 荧光定量PCR标准曲线

    Figure  1.   Standard curve of ENTV-2 detected by SYBR-Green Ⅰ RT-qPCR

    图  2   ENTV-2荧光定量PCR熔解曲线

    Figure  2.   Melting curve of ENTV-2 detected by SYBR-Green Ⅰ RT-qPCR

    图  3   ENTV-2 SYBR Green Ⅰ qPCR的特异性

    注:1:ENTV-2; 2:羊肾1;3:羊肾2;4:羊肾3;5:羊肾4;6:羊肾5;7:山羊皮细胞;8:绵羊肺细胞;9:ORFV; 10:BCV;11:Mo;12:Mmc;13:Mccp;14:H2O。

    Figure  3.   Specificity of SYBR Green Ⅰ RT-qPCR in detecting ENTV-2

    Note: 1: ENTV-2; 2: kidney cell of goat No. 1; 3: kidney cell of goat No. 2; 4: kidney cell of goat No. 3; 5: kidney cell of goat No. 4; 6: kidney cell of goat No. 5; 7: goat skin cells; 8: sheep lung cells; 9: ORFV; 10: BCV; 11: MO; 12: Mmc; 13: Mccp; 14: H2O.

    图  4   部分临床样品检测结果

    注: 1为阳性样品,2~17均为临床样品,18为H2O。

    Figure  4.   Partial results of detection by SYBR-Green Ⅰ RT-qPCR on clinical samples

    Note: 1: positive sample; 2-7: clinical samples; 18: H2O.

    表  1   ENTV-2 荧光定量PCR的重复性

    Table  1   Repeatability of SYBR-Green I RT-qPCR in detecting ENTV-2

    Entv阳性质粒含量/
    (copies·μL−1
    批内重复
    Intra-assay reproducibility
    批间重复
    Inter-assay reproducibility
    Ct±SDCV/%Ct±SDCV/%
    7.51×10325.25±0.150.5925.53±0.160.63
    7.51×10518.78±0.110.5819.11±0.170.89
    7.51×10712.44±0.120.9612.89±0.120.93
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    表  2   SYBR Green I荧光定量PCR和传统PCR法临床样品检测ENTV-2结果比较

    Table  2   Detections by SYBR-Green Ⅰ RT-qPCR and conventional PCR on clinical samples

    检测方法
    Detecting method
    荧光定量PCR
    SYBR-Green Ⅰ qPCR
    总计
    Sum
    阳性数量
    Positive
    number
    阴性数量
    Negative
    number
    常规PCR
    Convenional PCR
    阳性数量
    Positive number
    10 0 10
    阴性数量
    Negative number
    46771
    总计 Sum146781
    下载: 导出CSV
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出版历程
  • 收稿日期:  2020-12-03
  • 修回日期:  2021-03-24
  • 网络出版日期:  2021-07-12
  • 刊出日期:  2021-07-27

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