文章快速检索     高级检索
  福建农业学报  2016, Vol. 31 Issue (4): 350-355  
0

引用本文 [复制中英文]

孙君, 林浥, 俞滢, 陈静, 姚雪倩, 陈桂信, 叶乃兴. 茉莉花JsGGPPS基因的克隆及生物信息学与表达分析[J]. 福建农业学报, 2016, 31(4): 350-355.
[复制中文]
SUN Jun, LIN Yi, YU Ying, CHEN Jing, YAO Xue-qian, CHEN Gui-xin, YE Nai-xing. Cloning, Molecular Characterization, and Expression of JsGGPPs Gene from Jasminum sambac[J]. Fujian Journal of Agricultural Sciences, 2016, 31(4): 350-355.
[复制英文]

基金项目

福建省自然科学基金(2016J01110);福州市农业局2014年福州茉莉花茶产业提升项目(2014-3)

通信作者

叶乃兴(1963-),男,教授,研究方向:茶学与茉莉资源利用(E-mail:ynxtea@126.com)

作者简介

孙君(1988-),女,研究实习员,研究方向:茶树栽培与资源利用(E-mail:huiseshuijing@qq.com)

文章历史

收稿日期: 2016-02-09
修回日期: 2016-03-30
茉莉花JsGGPPS基因的克隆及生物信息学与表达分析
孙君1,2, 林浥2, 俞滢2, 陈静2, 姚雪倩2, 陈桂信2, 叶乃兴2     
1. 福建省农业科学院茶叶研究所, 福建 福安 355015;
2. 福建农林大学园艺学院/茶学福建省高等学校重点实验室, 福建 福州 350002
摘要: 牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合酶(Geranylgerany pyrophosphate synthase, GGPPS)是萜烯类香气物质合成 途径中的关键酶。采用RT-PCR和RACE相结合的方法, 克隆了茉莉花牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合酶基因的全长cDNA(命名为JsGGPPS, GenBank登录号AIY24421.1), 采用实时荧光定量PCR技术分析JsGGPPS基因在茉莉花开放过程中的表达模式。结果表明, JsGGPPS全长cDNA为1 410bp, 含1 083bp完整的开放阅读框(ORF), 其推导的氨基酸序列包含360个氨基酸, 属于trans-isoprenyl diphosphate synthases (IPPS)和class I terpene cyclases家族, 含链长控制区(CLDR)、2个天冬氨酸富集区以及其他保守区。JsGGPPS基因与独行菜Lepidium apetalum、橡胶草Taraxacum kok-saghyz的同源性分别为91%、86%。实时荧光定量PCR结果表明, 茉莉花开放过程中JsGGPPS基因在晚上18:00时表达量较低, 呈上调趋势, 在22:00时达到最高, 呈下调趋势, 在翌日2:00时表达量最低, 与茉莉花释香趋势相似, 为深入研究茉莉花萜烯类香气物质代谢途径奠定基础。
关键词: 茉莉花    萜烯类    香气    牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合酶    克隆    表达分析    
Cloning, Molecular Characterization, and Expression of JsGGPPs Gene from Jasminum sambac
SUN Jun1,2 , LIN Yi2 , YU Ying2 , CHEN Jing2 , YAO Xue-qian2 , CHEN Gui-xin2 , YE Nai-xing2     
1. Tea Research Institute, Fujian Academy of Agricultural Sciences, Fu'an, Fujian 355015, China;
2. College of Horticulture, Fujian Agriculture and Forestry University/Key Laboratory of Tea Science at Universities in Fujian, Fuzhou, Fujian 350002, China
Abstract: Geranylgerany pyrophosphate synthase (GGPPS) catalyzes the biosynthesis of geranylgeranyl diphosphate, which is a key precursor of the aromatic terpenes in jasmine flowers. The full-length cDNA sequence of GGPPS gene in the terpenoid backbone biosynthesis was cloned from Jasminum sambac by RT-PCR combined with RACE, and subsequently named JsGGPPS with a GenBank Accession number of AIY24421.1. The expression of JsGGPPS during jasmine blooming was detected by quantitative real-time PCR. The results showed that the full-length of the cDNA sequence was 1 410 bp with a 1 083 bp open reading frame. The deduced protein consisted of 360 amino acids, and shared 91% identity with GGPPS from Lepidium apetalum and 84% from Taraxacum kok-saghyz.JsGGPPS had one chain length determination region, two highly conserved aspartate-rich motifs, and other conserved domains, which belonged to the trans-isoprenyl diphosphate synthases and class I terpene cyclases superfamily. The quantitative real-time PCR showed that the JsGGPPS expression at 18:00 was low, and began to rise and reached a maximum at 20:00 followed by a steady decline to a minimum at 2:00. The observation significantly correlated with the aroma release pattern of J.sambac in nature. The results provided a basis for further study on the terpene biosynthetic pathway of the flower.
Key Words: Jasmimun sambac    terpene    fragrance    geranylgerany pyrophosphate synthase    cloning    expression analysis    

茉莉花Jasminum sambac(L.)Ait为木犀科Oleaceae素馨属Jasminum植物,是园林观赏植物的一种,也是闻名世界的香料作物。茉莉花花色洁白如玉、花香芬芳浓郁,用其窨制的茉莉花茶是“世界名茶”[1]。茉莉花为气质花,夜间开花,不开不香,其开放时间、释香量及持续时间直接影响着茉莉花茶质量的好坏。萜烯类香气成分是茉莉花香气物质中的一大类,如芳樟醇、法呢烯、石竹烯、橙花叔醇、依兰油烯和萜品醇等。GGPPS是植物萜烯类香气物质合成途径中的关键酶,也称香叶基香叶基焦磷酸合酶,其以牻牛儿基焦磷酸(geranyl pyrophosphate)为前体,合成牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸(geranylgeranyl pyrophosphate),进而在不同酶的作用下分别生成二萜、四萜和多萜化合物。GGPPS是植物二萜、四萜和多萜类合成的关键酶,影响着类胡萝卜素等食品着色色素和抗氧化剂、萜烯类等香气和风味物质、泛锟等保健营养品、紫杉酚等抗虫抗癌症物质的形成,在植物次生代谢中扮演着重要角色[2-6]

GGPPS基因已在白芥子Sinapis alba[7]、麻风树Jatropha curcas[8]、长春花Catharanthus roseus[9],三七Panax notoginseng[10]和肯尼亚番薯Ipomoea sp. Kenyan[11] 等植物中报道。在对橡胶草Taxus walliciana、甜椒Capsicum annuum及欧榛Corylus avellana L. Gasaway等植物GGPPS基因的研究中发现,基因组GGPPS基因不含内含子,为功能基因[12-14];将GGPPS转基因到烟草中,可使烟草开花提早2个星期[15],可见GGPPS基因对植物开花有着一定的影响,但目前尚未见茉莉花GGPPS基因的相关报道,且GGPPS是否调控茉莉花开花及释香,以及其作用机理方面并未见报道。

本研究采用RACE和RT-PCR相结合的技术,克隆茉莉花GGPPS的全长cDNA序列,并对其进行生物信息学分析,预测其基因结构及功能。采用荧光定量PCR技术,检测该基因在花发育过程中的表达模式,以期为茉莉花香气形成机理的研究提供一定的参考。

1 材料与方法 1.1 供试材料及处理方法

茉莉花来源于福建农林大学茉莉花种质资源圃,于傍晚采摘半开的茉莉花瓣(此时茉莉花朵呈虎爪状,香气最高),液氮速冻,存放于超低温冰箱(-80℃)。

1.2 总RNA提取及cDNA第一链合成

茉莉花总RNA采用Trizol法提取,cDNA第一链合成采用孙君等[7]的方法进行。

1.3 JsGGPPS保守区克隆

参考苜蓿、丹参、长春花等植物GGPPS基因序列,采用DNAMAN软件设计保守区简并引物GGPPS-F和GGPPS-R(引物序列见表 1,引物由北京华大基因公司合成,下同)。PCR扩增体系:2.5 μL 10× Ex-Taq Buffer (Mg2+ Plus),4 μL dNTPs (2.5 mmol·L-1),1 μL模板,0.5 μL GGPPS-R,0.5 μL GGPPS-F,0.2 μL Ex-Taq酶(5 U·μL-1),补ddH2O至25 μL体系。95℃预变性5 min,95变性30 s,53℃退火45 s,72℃延伸90 s,35个循环,最后72℃延伸10 min进行PCR扩增。将PCR产物纯化回收、并连接至pMD18-T载体,转化至Trans5大肠杆菌感受态细胞,测序(北京六合华大基因有限公司,下同)。

表 1 引物序列 Table 1 Sequences of primers
1.4 JsGGPPS基因 5'RACE及3'RACE

根据保守区克隆结果分别设计合成特异性5'RACE和3'RACE引物(Primer Premier 5软件):5-GGPPS和3-GGPPS,将保守区PCR体系中引物改为0.5 μL 5-GGPPS/3-GGPPS,0.25 μL L4M,并补ddH2O至25 μL,将保守区PCR扩增程序中的退火温度提高至56℃进行PCR扩增。将PCR产物进行纯化回收、连接、转化、测序。

1.5 全长cDNA的获得及生物信息学分析

将保守区、5'RACE及3'RACE的序列进行拼接,得到JsGGPPS的cDNA全长序列,在其ORF两端设计特异引物qGGPPS-R和qGGPPS-F扩增其全长序列。

JsGGPPS基因序列通过在线NCBI的BLAST功能进行氨基酸序列同源性比较;采用MEGA5.05将氨基酸序列作系统进化树(neighbor-joining);在线Multalin 5.4.1软件进行多重序列比对;通过Protparam软件对其分子量、等电点进行预测,初步分析目的基因的功能;通过在线 预测蛋白质二级结构。

1.6 JsGGPPS基因在茉莉花不同花发育过程中的表达分析

分别提取18:00、20:00、22:00、翌日00:00和2:00的茉莉花瓣总RNA(Trizol法),并反转录成cDNA(TaKaRa逆转录试剂盒),稀释10倍作模板。以Actin基因为内参基因(引物为Actin-I和Actin-II),运用Primer Premier 5.0软件,设计荧光定量PCR引物rtGGPPS-R和rtGGPPS-F,参照SYBR Prime ScriptTMRT-PCR Kit(TaKaRa)说明书,进行荧光定量PCR扩增。

1.7 数据统计与分析

试验数据应用Microsoft Excel 2003软件进行整理分析、作柱状图;采用2-ΔΔCt法计算其相对表达量;应用SPSS软件对结果进行差异显著性分析。

2 结果与分析 2.1 JsGGPPS克隆及序列分析

通过RT-PCR和RACE技术得到保守区、5'RACE和3'RACE的PCR产物如图 1所示,最终克隆得到保守区、5'RACE和3'RACE片段571、603、716 bp。利用特异性引物扩增其ORF(PCR产物如图 1所示),得到ORF长度为1 083 bp。

图 1 从茉莉花中分离的JsGGPPS电泳 Figure 1 Amplified product of JsGGPPS from J. sambac 注:M:Marker DL2000;1:保守区扩增产物;2:5'RACE扩增产物;3:3'RACE扩增产物;4:JsGGPPS ORF全长扩增产物。
图 2 JsGGPPS基因的核苷酸序列及推导的氨基酸序列 Figure 2 Nucleotide and deduced amino acid sequence of JsGGPPS 注::起始密码子;:终止密码子;阴影:活性位点;○:天冬氨酸富含区1及底物Mg2+结合部位;:天冬氨酸富含区2。

将保守区、5'RACE和3'RACE序列拼接并进行生物信息学分析,结果表明,JsGGPPS的全长cDNA为1 410 bp,含1个完整ORF:245~1 327 bp,包含起始密码子ATG和终止密码子TGA及18个A的Poly A尾巴。该基因c编码的蛋白属于trans-isoprenyl diphosphate synthases(IPPS)和class I terpene cyclases家族,含链长控制区(CLDR),含天冬氨酸富含区1及底物Mg2+结合部位(SARM)、天冬氨酸富含区2(FARM)。JsGGPPS基因推导的氨基酸序列包含360个氨基酸,分子总量为39 274.2 D,等电点为5.91,带正电氨基酸为39,带负电氨基酸为46,分子式为C1743H2799N467O525S18。不稳定系数为40.21,为不稳定蛋白。脂溶指数为94.31,亲水性平均值为-0.070。亚细胞定位在细胞质上。二级结构中43.89 %为α螺旋(158),14.17%为延伸链(51),10.65%为β转角(38),31.39%为不规则卷曲(113)。

JsGGPPS基因编码的氨基酸序列经BLAST比对,与独行菜Lepidium apetalum、橡胶草Taraxacum kok-saghyz、 杜仲Eucommia ulmoides、岩蔷薇Cistus creticus、蒺藜状苜蓿Medicago truncatula 及潘那利番茄Solanum pennellii的同源性分别为91%、86%、85%、84%和80%。采用MEGA5.05功能将各个氨基酸序列作系统进化树,结果(图 3)表明,茉莉花JsGGPPS氨基酸序列与独行菜属的独行菜Lepidium apetalum亲缘关系最近,与毛莨科的巴基斯坦夏侧金盏花(Adonis aestivalis var. palaestina)亲缘关系最远。

图 3 JsGGPPS基因系统进化树 Figure 3 Phylogenetic tree of JsGGPPS

将这些相对保守的植物GGPPS氨基酸序列导入在线Multalin 5.4.1软件进行多重序列比对,结果(图 4)表明,JsGGPPS在5’端前90个氨基酸位点保守性较低,在之后的90~373位点氨基酸保守性较高。

图 4 JsGGPPS氨基酸多重序列比较 Figure 4 Alignment of amino acid sequence of JsGGPPS
2.2 荧光定量表达分析

以茉莉花Actin基因为内参,采用实时荧光定量PCR对茉莉花开放过程中JsGGPPS基因的表达模式进行了分析,结果(图 5)表明,茉莉花在晚上18:00时表达量较低,随着时间的推移呈上调趋势,在晚上22:00时达到最高,随后呈下调趋势,在翌日0:00时表达量已低于18:00时,在翌日2:00表达量最低。

图 5 茉莉花开放过程中JsGGPPS基因表达分析 Figure 5 Expression of JsGGPPS during blooming 注:图中不同字母代表不同时刻间存在显著差异(P<0.05)。
3 讨 论

萜烯类香气成分是茉莉花香气物质中的一大类,GGPPS是植物萜烯类香气物质合成途径中的关键酶。克隆得到JsGGPPS基因全长cDNA 1 410 bp,含一个完整的开放阅读框(ORF):245~1 327 bp,包含起始密码子ATG和终止密码子TGA及18个A的Poly A尾巴。该蛋白属于trans-isoprenyl diphosphate synthases(IPPS)和class I terpene cyclases家族,含链长控制区(CLDR),具有GGPPS合酶家族的两个富含天冬氨酸的特征性序列DDXX(XX)D。Hemmi等[17]研究表明,SARM和FARM这两个天冬氨酸富含区是酶的催化活性位点,参与构成与IPP和烯丙基底物相结合的活性结构。此外,茉莉花JsFPPS氨基酸序列[18]亦具有此2个富含天冬氨酸的特征序列,茉莉花萜烯类合酶JsTPS氨基酸序列[19]亦具有DDXXD这一天冬氨酸富含区,与杨滢[20]认为的短链异戊烯基转移酶均含有2个天冬氨酸富含区DDXX(XX)D,FPPSGGPPS氨基酸序列的2个天冬氨酸富含区DDXX(XX)D具有高度保守性的研究结果相一致。同时,在其他植物的研究中也发现,麻风树Jatropha curcas、银杏Ginkgo biloba、橡胶草Taxus walliciana及啤酒花Humulus lupulus等植物的GGPPS氨基酸序列均含有2个天冬氨酸富含区[8, 12, 21-22]。茉莉花JsGGPPS氨基酸序列与其他植物有较高的同源性,与独行菜Lepidium apetalum、橡胶草Taraxacum kok-saghyz和杜仲Eucommia ulmoides的同源性分别为91%、86%和85%,在今后可借鉴这些植物的研究模式,进一步深化茉莉花JsGGPPS及其他香气相关基因的研究,探究茉莉花开放与释香的机理。

茉莉花为夜间开放的气质花,研究其香气相关基因的表达模式具有一定的意义。前人已对一些其他植物GGPPS做了表达研究,认为GGPPS基因的表达存在组织特异性。Liu等[23]研究结果表明,三七Panax notoginsengGGPPS基因在3年生根、茎、叶、花中表达,以3年生叶的表达量相对最高。Hua等[24]研究表明,丹参Salvia miltiorrhizaGGPPS基因主要在叶中特异表达,黑暗、高温、病原菌、机械损伤,盐溶液、赤霉素、脱落酸和水杨酸等几种因子可诱导该基因的表达上调。Wang等[14]研究表明,欧榛Corylus avellana L. Gasaway的GGPPS基因在叶子中相对表达最高。Li等[6]研究表明,GGPPS基因的转录水平同紫杉醇表现一定的相关性。前人对GGPPS表达模式的研究多以不同器官(空间)为对象,其表达的节律性(时间)还鲜见报道。采用实时荧光定量PCR技术检测茉莉花开放过程中的表达模式表明,在晚上18:00至翌日2:00茉莉花发育过程中,该基因的表达为先上调后下调,以22:00最高,且在翌日0:00时茉莉花已完成开放时表达量低于晚上18:00茉莉花未开待开时。JsGGPPS基因的表达模式与茉莉花开放释香过程相一致,与茉莉花香气相关基因JsDXS、JsHMGR、JsSAMT、JsPAL、JsFPPS[18]、JsTPS[19]CDSHPL[25]的表达模式基本一致,推测茉莉花JsGGPPS基因参与调控茉莉花香气物质的代谢,但其具体参与方式还需要进一步研究验证。

参考文献
[1] 杨江帆, 吴建成, 叶乃兴, 等. 茉莉韵. 北京: 科学出版社, 2015 . (0)
[2] WATTS K T, MIJTS B N, SCHMIDT-DANNERT C. Current and emerging approaches for natural product biosynthesis in microbial cells[J]. Advanced Synthesis&Catalysis, 2005, 347 (7-8) : 927 –940. (0)
[3] HAYNES R K, KRISHNA S. Artemisinins:activities and actions[J]. Microbes and infection, 2004, 6 (14) : 1339 –1346. (0)
[4] CHEMLER J A, YAN Y, KOFFAS M A G. Biosynthesis of isoprenoids, polyunsaturated fatty acids and flavonoids in Saccharomyces cerevisiae[J]. Microbial Cell Factories, 2006, 5 (1) : 1 . (0)
[5] JENNEWEIN S, CROTEAU R. Taxol:biosynthesis,molecular genetics, and biotechnological applications[J]. Applied Microbiology and Biotechnology, 2001, 57 (1-2) : 13 –19. (0)
[6] LI L Q, FU C H, ZHAO C F, et al. Efficient extraction of RNA and analysis of gene expression in a long-term Taxus cell culture using real-time RT-PCR[J]. Zeitschrift für Naturforschung C, 2009, 64 (1-2) : 125 –130. (0)
[7] LAFERRI RE A, BEYER P. Purification of geranylgeranyl diphosphate synthase from Sinapis alba etioplasts BBA-protein struct[J]. Mol Enzymol, 1991 (1077) : 167 –172. (0)
[8] LIN J, JIN Y J, ZHOU X, et al. Molecular cloning and functional analysis of the gene encoding geranylgeranyl diphosphate synthase from Jatropha curcas[J]. Afr J Biotechnol, 2010 (9) : 3342 –3351. (0)
[9] THABET I, GUIRIMAND G, GUIHUR A, et al. Characterization and subcellular localization of geranylgeranyl diphosphate synthase from Catharanthus roseus[J]. Mol Biol Rep, 2012 (39) : 3235 –3243. (0)
[10] MIN D D, TANG M Q, LI G, et al. Cloning and expression analysis of GGPPS gene from Panax notoginseng[J]. China Journal of Chinese Materia Medica, 2015, 40 (11) : 2090 –2095. (0)
[11] YAMAMIZO C, KISHIMOTO S, OHMIYA A. Carotenoid composition and carotenogenic gene expression during ipomoea petal development[J]. J Exp Bot, 2010, 61 (3) : 709 –719. (0)
[12] LAN X Z, AUN M. Cloning and characterization of the geranylgeranyl diphosphate synthase gene in Taxus walliciana[J]. J. Southwest Agric. Univ, 2006, 28 : 537 –543. (0)
[13] BADILLO A, STEPPUHN J, DERU RE J, et al. Structure of a functional geranylgeranyl pyrophosphate synthase gene from Capsicum annuum[J]. Plant molecular biology, 1995, 27 (2) : 425 –428. (0)
[14] WANG Y, MIAO Z, TANG K. Molecular cloning and functional expression analysis of a new gene encoding geranylgeranyl diphosphate synthase from hazel (Corylus avellana L[J]. Molecular biology reports, 2010, 37 (7) : 3439 –3444. (0)
[15] TATA S K, JUNG J, KIM Y H, et al. Heterologous expression of chloroplast-localized geranylgeranyl pyrophosphate synthase confers fast plant growth, early flowering and increased seed yield[J]. Plant biotechnology journal, 2016, 14 (1) : 29 –39. (0)
[16] 孙君, 陈桂信, 叶乃兴, 等. 茉莉花香气相关基因JsDXS及其启动子的克隆与表达分析[J]. 园艺学报, 2014 (6) : 1236 –1244. (0)
[17] HEMMI H, NOIKE M, NAKAYAMA T, et al. An alternative mechanism of product chain-length determination in type III geranylgeranyl diphosphate synthase[J]. Eur J Biochem, 2003, 270 (10) : 2186 –2194. (0)
[18] 孙君. 茉莉花香气合成相关酶基因克隆与表达分析[D]. 福州:福建农林大学, 2014. (0)
[19] 俞滢, 陈丹, 孙君, 等. 茉莉花萜类合成酶基因JsTPS 的克隆及其表达分析[J]. 园艺学报, 2016, 43 (2) : 356 –364. (0)
[20] 杨滢. 植物萜类代谢途径关键酶的比较及其在丹参中的表达分析[D]. 西安:陕西师范大学, 2012. (0)
[21] WANG G, DIXON R A. Heterodimeric geranyl (geranyl) diphosphate synthase from hop (Humulus lupulus) and the evolution of monoterpene biosynthesis[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2009, 106 (24) : 9914 –9919. (0)
[22] LIAO Z, CHEN M, GONG Y, et al. A new geranylgeranyl diphosphate synthase gene from Ginkgo biloba, which intermediates the biosynthesis of the key precursor for ginkgolides[J]. DNA Sequence, 2004, 15 (2) : 153 –158. (0)
[23] LIU M H, YANG B R, CHEUNG W F, et al. Transcriptome analysis of leaves, roots and flowers of Panax notoginseng identifies genes involved in ginsenoside and alkaloid biosynthesis[J]. Bmc Genomics, 2015 (16) : 265 . (0)
[24] HUA W, SONG J, LI C, et al. Molecular cloning and characterization of the promoter of SmGGPPs and its expression pattern in Salvia miltiorrhiza[J]. Molecular biology reports, 2012, 39 (5) : 5775 –5783. (0)
[25] 欧雪凤. 双瓣茉莉花HPLGDS基因克隆与分析[D]. 福州:福建农林大学, 2012. (0)