芥菜遗传多样性SRAP分析

李永平; 薛珠政; 张双照; 温庆放

doi:10.19303/j.issn.1008-0384.2018.09.009

芥菜遗传多样性SRAP分析

doi: 10.19303/j.issn.1008-0384.2018.09.009

李永平^{1, 2,},
薛珠政^{1, 2, ,},
张双照³,
温庆放^{1, 2}

1.
福建省农业科学院蔬菜研究中心, 福建福州 350013
2.
福建省农业科学院作物研究所, 福建福州 350013
3.
福建省龙岩市农业科学研究所, 福建龙岩 364000

基金项目:

国家现代农业产业技术体系建设专项 CARS-24-G-07

福建省科技厅农业引导性重点项目 2017N0048

福建省农业科学院科技创新团队项目 STIT2017-1-2

福建省科技计划项目——省属公益类科研院所基本科研专项 2016R1025-11

详细信息

作者简介:
李永平(1974-), 女, 副研究员, 研究方向:蔬菜生物技术与育种研究(E-mail:248937256@qq.com)

通讯作者:
薛珠政(1971-), 男, 研究员, 研究方向:蔬菜育种与栽培研究(E-mail:369654817@qq.com)

中图分类号: S649
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出版历程
- 收稿日期: 2018-06-05
- 修回日期: 2018-07-15
- 刊出日期: 2018-09-01

SRAP Analysis on Genetic Diversity of Brassica juncea

LI Yong-ping^{1, 2
,},
XUE Zhu-zheng^{1, 2
, ,},
ZHANG Shuang-zhao³,
WEN Qing-fang^{1, 2}

1.
Vegetable Research Center, Fujian Academy of Agricultural Sciences, Fuzhou, Fujian 350013, China
2.
Crops Research Institute, Fujian Academy of Agricultural Sciences, Fuzhou, Fujian 350013, China
3.
Longyan Agricultural Science Institute, Longyan, Fujian 364000, China

摘要

摘要: 以44个芥菜品种为材料，利用SRAP分子标记对其进行遗传多样性研究。从100个不同的引物组合中筛选出了31对多态性较高，条带清晰且稳定的引物，对44个芥菜材料DNA进行PCR扩增。结果表明，这31对引物共产生了286条条带，其中多态性条带173条，多态率达60.49%。平均每对引物扩增条带9.23条。用NTSYS统计软件进行聚类分析，44个芥菜品种的遗传相似系数为0.61~0.89，平均系数为0.75。在相似系数为0.67的水平，44个芥菜品种可分为4大类，与形态学分类结果基本一致。
- 芥菜 /
- SRAP /
- 遗传多样性
Abstract: An SRAP marker was applied to analyze the genetic diversity of 44 accessions of Brassica juncea(L.). Thirty-one pairs of SRAP primer combinations, which amplified stable bands with clear and higher polymorphism, were selected by a preliminary screening. A total of 286 DNA bands were amplified from the 44 accessions of B. juncea by PCR amplification.Among them, 60.49% or 173 DNA bands were polymorphic.The average number of DNA bands amplified by each pair of primer combination was 9.23. The clustering analysis by NTSYS statistical software showed that the genetic similarity coefficients were in the range of 0.61-0.89 averaging 0.75. At the coefficient of 0.67, the 44 accessions were divided into 4 groups which were identical with the result obtained by the morphological classification.
- Brassica juncea /
- SRAP /
- genetic diversity

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图 1 部分引物初步筛选

注：M为DNA Marker，2、21、38分别为供试芥菜材料编号，见表 1；Em14/Me13、Em16/Me12、Em17/Me13、Em17/Me17、Em2/Me7为引物组合。

Figure 1. Preliminary screening on partial primers

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图 2 引物em2/me8扩增

注：M为DNA Marker；1~44分别为供试芥菜材料编号，见表 1。图 3同。

Figure 2. Products amplified by primer em2/me8

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图 3 引物em17/me17扩增

Figure 3. Products amplified by primer em17/m17

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图 4 44个芥菜材料聚类分析

Figure 4. Dendrogram of 44 B. juncea materials

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表 1 44份芥菜材料的性状

Table 1. Properties of 44 B. juncea materials

编号	品种	品种来源	下胚轴颜色	株型	叶形	叶裂回数	叶面	结球性	叶面刺毛	芥辣味	叶柄横切面形状	食用器官、类型
1	龙岩青皮芥菜	福建龙岩市	浅紫	直立	卵圆形	多回	皱	不结球	无	浓	细窄圆	棒状茎、鲜食
2	连城紫芥菜	福建龙岩市	浅紫	开展	阔椭圆	1回	微皱	不结球	无	中	中圆	紫叶、鲜食
3	抗热四季ok甜芥菜	广西横县	浅紫	直立	阔椭圆	1回	平滑	不结球	无	淡	宽厚	叶、鲜食
4	华517	湖北武汉市	浅绿	浅绿	倒卵	1回	微皱	不结球	无	淡	宽扁	棒状茎、鲜食
5	厦门芥菜	福建龙岩市	浅绿	开展	扇形	1回	皱	不结球	无	浓	中圆	叶、鲜食
6	华515	华中农大	浅紫	开展	阔椭圆	1回	皱	不结球	无	中	中圆	叶、鲜食
7	平和芥菜	福建龙岩市	浅紫	直立	椭圆	多回	微皱	不结球	无	浓	宽扁	叶、鲜食
8	特选种竹芥菜	广东广州市	浅紫	直立	阔椭圆	1回	平滑	不结球	无	淡	宽扁	叶、鲜食
9	龙岩长茎芥菜2	北京市	浅绿	直立	卵圆形	多回	皱	不结球	无	浓	细窄圆	棒状茎、鲜食
10	细叶雪里蕻	福建龙岩市	绿	半直立	倒披针	多回	平滑	不结球	无	浓	细窄圆	叶、鲜食
11	龙岩芥菜3	福建龙岩市	浅绿	半直立	倒卵	1回	微皱	不结球	无	淡	宽扁	棒状茎、鲜食
12	客家甜芥菜	广东兴宁市	浅紫	半直立	阔椭圆	1回	平滑	不结球	无	淡	宽扁	叶、鲜食
13	四季甜客家芥	江西宜春市	浅紫	直立	阔椭圆	1回	平滑	不结球	无	淡	宽扁	叶、鲜食
14	本地大菜	广东兴宁市	浅紫	直立	倒卵	1回	皱	不结球	无	浓	宽扁	叶、鲜食
15	张白土茎用芥菜	福建龙岩市	浅紫	直立	卵圆形	多回	皱	不结球	无	浓	细窄圆	棒状茎、鲜食
16	漳州芥菜2	福建龙岩市	浅绿	直立	倒卵	1回	皱	不结球	无	中	细窄圆	叶、鲜食
17	特选大坪埔大肉包心芥菜	广西横县	紫	开展	扁圆	1回	皱	结球	无	浓	宽厚	叶球、鲜食
18	广东鸡那菜	福建龙岩市	浅绿	直立	倒披针	多回	微皱	不结球	无	浓	中圆	叶、鲜食
19	美口宽杆芥菜	甘肃省武威市	浅绿	开展	卵圆	1回	皱	不结球	无	中	宽扁	叶、鲜食
20	闽清大芥菜	福建福州市	浅紫	半直	倒卵	1回	微皱	不结球	无	浓	中圆	叶、鲜食
21	精品大肉大坪包心芥	江西宜春市	紫	开展	扁圆	1回	皱	结球	无	浓	宽厚	叶球、鲜食
22	台湾芥菜1	福建龙岩市	浅绿	半直立	长倒卵	1回	平滑	不结球	无	中	宽厚	叶、鲜食
23	宽帮青菜	四川省绵阳市	浅紫	开展	阔椭圆	1回	微皱	不结球	无	中	细窄圆	叶、腌制
24	四川大肉青	四川省广汉市	浅绿	开展	阔倒卵	1回	皱	不结球	无	中	宽厚	叶、腌制
25	华513	湖北武汉市	浅紫	开展	倒卵	1回	微皱	不结球	有	中	宽扁	叶、腌制
26	华512	湖北武汉市	浅紫	开展	阔椭圆	1回	微皱	不结球	有	浓	宽扁	叶、腌制
27	华516	湖北武汉市	浅紫	开展	阔椭圆	1回	微皱	不结球	有	中	宽扁	叶、腌制
28	上杭毛芥菜	福建龙岩市	浅绿	半直立	卵圆形	1回	微皱	不结球	有	中	细窄圆	叶球、鲜食
29	宽叶厚肉高脚芥	广东兴宁市	浅紫	直立	倒卵	1回	微皱	不结球	无	浓	宽扁	叶、鲜食
30	连城芥菜	福建龙岩市	浅绿	直立	卵圆形	多回	皱	不结球	无	浓	细窄圆	棒状茎、鲜食
31	香巷客家甜芥菜	广东兴宁市	浅紫	半直立	阔椭圆	1回	平滑	不结球	无	淡	宽厚	叶、鲜食
32	福州宽杆芥菜	福建福州市	浅紫	半直立	阔椭圆	1回	皱	不结球	无	中	宽扁	叶、鲜食
33	闽清大挂菜	福建省农业科学院	浅紫	半直立	倒卵	1回	微皱	不结球	无	中	中圆	叶、鲜食
34	特选甜脆客家芥菜	广东深圳市	浅紫	半直立	阔椭圆	1回	平滑	不结球	无	淡	宽扁	叶、鲜食
35	皱叶芥	福建龙岩市	浅紫	直立	阔椭圆	1回	皱	结球	无	中	中圆	叶球、鲜食
36	永定客家芥	福建龙岩市	浅紫	直立	卵圆形	多回	皱	不结球	无	浓	细窄圆	棒状茎、鲜食
37	万安客家芥菜	福建龙岩市	浅绿	直立	倒卵	1回	微皱	不结球	无	中	宽扁	棒状茎、鲜食
38	桂林甜芥菜薹	广西横县	紫	开展	阔椭圆	1回	平滑	结球	无	浓	宽厚	叶、花薹、鲜食
39	绿欣芥菜	福建龙岩市	浅绿	直立	倒卵	1回	皱	不结球	无	中	细窄圆	棒状茎、鲜食
40	龙芥1号	福建龙岩市	浅绿	直立	卵圆形	多回	皱	不结球	无	浓	细窄圆	棒状茎、鲜食
41	大排芥菜	福建龙岩市	浅绿	直立	阔椭圆	1回	微皱	结球	无	浓	宽扁	叶球、鲜食
42	紫脉芥	福建龙岩市	浅紫	开展	倒卵	1回	皱	不结球	无	中	宽扁	叶、鲜食
43	台湾芥菜2	龙岩市农科所	浅紫	开展	阔倒卵	1回	微皱	结球	无	浓	中圆	叶球、鲜食
44	龙岩长茎芥菜	福建龙岩市	浅紫	直立	卵圆形	多回	皱	不结球	无	浓	细窄圆	棒状茎、鲜食

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表 2 SRAP引物序列信息

Table 2. Information on SRAP primer sequence

代号	上游引物	代号	下游引物
Me1	TGAGTCCAAACCGGATA	Em1	GACTGCGTACGAATTAAT
Me2	TGAGTCCAAACCGGAGC	Em2	GACTGCGTACGAATTTGC
Me3	TGAGTCCAAACCGGAAT	Em3	GACTGCGTACGAATTGAC
Me4	TGAGTCCAAACCGGACC	Em4	GACTGCGTACGAATTTGA
Me5	TGAGTCCAAACCGGAAG	Em5	GACTGCGTACGAATTAAC
Me6	TGAGTCCAAACCGGTAA	Em6	GACTGCGTACGAATTGCA
Me7	TGAGTCCAAACCGGTCC	Em7	GACTGCGTACGAATTATG
Me8	TGAGTCCAAACCGGTGC	Em8	GACTGCGTACGAATTCTG
Me9	TTCAGGGTGGCCGGATG	Em9	GACTGCGTACGAATTACG
Me10	TGGGGACAACCCGGCTT	Em10	GACTGCGTACGAATTTAG
Me11	TGGGGACAACCCGGTTC	Em11	GACTGCGTACGAATTTCG
Me12	TGGGGACAACCCGGTAG	Em12	GACTGCGTACGAATTGTC
Me13	TGGGGACAACCCGGTCA	Em13	GACTGCGTACGAATTGGT
Me14	TGGGGACAACCCGGTGT	Em14	GACTGCGTACGAATTCAG
Me15	TGGGGACAACCCGGTTG	Em15	GACTGCGTACGAATTCTG
Me16	TGAGTCCAAACCGGATA	Em16	GACTGCGTACGAATTCGG
Me17	TGAGTCCAAACCGGACA	Em17	GACTGCGTACGAATTCCA
Me18	TGAGTCCAAACCGGACA	Em18	GACTGCGTACGAATTCAA
Me19	TGAGTCCAAACCGGACG	Em19	GACTGCGTACGAATTCGA
Me20	TGAGTCCAAACCGGGCT	Em20	GACTGCGTACGAATTCAG

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表 3 SRAP引物组合及其对44份芥菜材料扩增结果

Table 3. SRAP primer combinations and amplifications for 44 B. juncea material

序号	引物组合	位点总数	多态位点数	多态比例 /%
1	em20/me6	14	6	42.86
2	Em2/Me16	7	4	57.14
3	Em17/Me17	9	7	77.78
4	Em2/M17	7	4	57.14
5	Em10/Me13	11	6	54.55
6	Em17/Me13	11	5	45.45
7	Em14/Me13	10	5	50.00
8	Em15/Me1	13	7	53.85
9	Em14/Me17	7	5	71.43
10	Em16/Me12	10	7	70.00
11	Em8/Me16	13	6	46.15
12	Em1/Me9	7	5	71.43
13	Em2/Me7	8	7	87.50
14	Em2/Me8	8	7	87.50
15	Em4/Me10	10	6	60.00
16	Em5/Me14	11	8	72.73
17	Em6/me8	8	6	75.00
18	Em7/Me1	7	4	57.14
19	Em7/Me12	8	5	62.50
20	Em7/M14	7	4	57.14
21	Em10/Me12	9	4	44.44
22	Em10/Me15	11	7	63.64
23	Em12/Me10	12	6	50.00
24	Em12/Me15	9	7	77.78
25	Em14/Me6	11	7	63.64
26	Em14/Me12	9	5	55.56
27	Em15/Me2	5	3	60.00
28	Em17/Me3	8	4	50.00
29	Em17/M7	9	5	55.56
30	Em20/Me12	7	4	57.15
31	Em16/Me12	10	7	70.00

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参考文献(15)

[1]	陈材林, 周源, 周光凡, 等.中国的芥菜起源探讨[J].西南农业学报, 1992, 5(3):3-7. http://www.wanfangdata.com.cn/details/detail.do?_type=perio&id=QK000003413624
[2]	范永红, 沈进娟, 董代文.芥菜类蔬菜产业发展现状及研究前景思考[J].农学学报, 2016, 6(2):65-71. http://d.old.wanfangdata.com.cn/Periodical/hnnykjtx-e201703045
[3]	刘佩瑛.中国芥菜[M].北京:中国农业出版社, 1996.
[4]	刘淑艳, 刘忠松, 官春云.芥菜型油菜种质资源研究进展[J].植物遗传资源学报, 2007, 8(3):351-358. doi: 10.3969/j.issn.1672-1810.2007.03.022
[5]	刘忠松, 官春云, 李木旬, 等.甘蓝型油菜与芥菜型油菜种间杂交研究[J].中国油料作物学报, 2001, 23(2):82-87. doi: 10.3321/j.issn:1007-9084.2001.02.022
[6]	顾祥昆, 李菲, 张淑江, 等.芥菜游离小孢子培养技术研究[J].中国蔬菜, 2013(12):23-30. http://d.old.wanfangdata.com.cn/Periodical/zgsc201312006
[7]	蒋先军, 骆永明, 赵其国.重金属污染土壤的植物修复研究Ⅲ.金属富集植物Brassica juncea对锌镉的吸收和积累[J].土壤学报, 2002, 39(5)71-74. http://www.wanfangdata.com.cn/details/detail.do?_type=perio&id=trxb200205007
[8]	张雁, 黄丽慧, 陈于陇, 等.不同品种芥菜发酵过程中亚硝酸盐变化规律的研究[J].现代食品科技, 2013, 29(9):2152-2157. http://www.cnki.com.cn/Article/CJFDTOTAL-GZSP201309021.htm
[9]	孙涛, 张玉秀, 柴团耀.印度芥菜(Brassica juncea L.)重金属耐性机理研究进展[J].中国生态农业学报, 2011, 19(1):226-234. http://d.old.wanfangdata.com.cn/Periodical/stnyyj201101040
[10]	乔爱民, 刘佩瑛, 雷建军, 芥菜16个变种的RAPD研究[J].植物学报, 1998, 40(10):915-921. doi: 10.3321/j.issn:1672-9072.1998.10.006
[11]	李宁, 司军, 任雪松, 等.芥菜种质资源遗传多样性和亲缘关系的SRAP分析[J].中国蔬菜, 2014(5):26-33. doi: 10.3969/j.issn.1000-6346.2014.05.005
[12]	刘佩瑛.中国芥菜[M].北京:中国农业出版社, 1995:56-59.
[13]	付杰.中国芥菜遗传多样性与亲缘关系的研究[D].杭州: 浙江大学, 2005.
[14]	齐晓花.中国芥菜系统进化研究及重要数量性状的遗传分析[D].杭州: 浙江大学, 2009.
[15]	宋明, 刘婷, 汤青林, 等.芥菜种质资源的RAPD和ISSR分析.园艺学报, 2009, 36(6):835-842. doi: 10.3321/j.issn:0513-353X.2009.06.009