Rapid PCR Differentiation Between Lobelia chinensis and Mazus pumilus
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摘要: 市场流通中半边莲容易与通泉草相互混淆，拟基于rbcL序列建立半边莲与通泉草的分子鉴别方法。采集不同产地的半边莲样品9份，通泉草样品7份，所有受试样品提取总DNA。对其叶绿体DNA中rbcL片段进行扩增、测序，用ClustalX 2.1软件进行多重序列比对后，应用Meg 5.0软件构建NJ系统聚类树进行聚类分析，根据二组样品间的SNP位点设计相互鉴别的特异性引物，建立特异PCR鉴别方法，并应用SYBR Green I染料法建立对2种中草药进行快速检测的方法。本研究建立了对半边莲与通泉草2种中草药进行分子鉴别的方法，并建立了荧光快速检测方法。Abstract: Molecular identifications of Lobelia chinensis and Mazus pumilus, as well as a specific PCR rapid method based on the SNP in rbcL sequence to differentiate between the two rather similar Chinese medicinal material were establish in this study. Commercial samples of 9 L. chinensis and 7 M. pumilus from different origins were collected to extract total DNA for rbcL gene sequencing. SNPs in the rbcL sequences of the samples were isolated using the ClustulX 2.1 program. The primers for identifying the two material were designed based on the SNP site. A specific PCR method was subsequently developed to rapidly and effectively detect the markers by the addition of SYBR Green I dye.
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Key words:
- Lobelia chinensis /
- Mazus pumilus /
- SNP /
- molecular identification
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图 1 基于NJ法构建rbcL序列的半边莲与通泉草的系统聚类树
Figure 1. Phylogenetic trees of L. chinensis and M. pumilus based on NJ method
图 2 半边莲与通泉草鉴别方法
Figure 2. Schematic diagram on differentiation between L. chinensis and M. pumilus
图 3 特异性PCR鉴别半边莲与通泉草凝胶电泳与荧光检测
注：① M为DL2000 DNA maker，1~9为来源不同产地的半边莲样品，10~16为不同产地的通泉草样品；
② 电泳图上方为荧光检测图，图 4同。Figure 3. Gel electrophoresis and florescence diagrams on PCR amplified markers of L.chinensis and M.pumilus
图 4 特异性PCR鉴别通泉草与半边莲凝胶电泳与荧光检测
注：M为DL2000 DNA maker，1~7为来源不同产地的通泉草样品，8~16为不同产地的半边莲样品。
Figure 4. Amplification of L. chinensis and M. pumilus
表 1 供试材料
Table 1. Basic information on material tested
编号 物种 原产地 1 Lobelia chinensis 福建安溪 2 Lobelia chinensis 福建安溪 3 Lobelia chinensis 福建安溪 4 Lobelia chinensis 福建永春 5 Lobelia chinensis 福建永春 6 Lobelia chinensis 福建永春 7 Lobelia chinensis 福建永春 8 Lobelia chinensis 福建德化 9 Lobelia chinensis 福建德化 10 Mazus pumilus 福建安溪 11 Mazus pumilus 福建安溪 12 Mazus pumilus 福建安溪 13 Mazus pumilus 福建安溪 14 Mazus pumilus 福建永春 15 Mazus pumilus 福建永春 16 Mazus pumilus 福建永春 
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表 2 供试引物
Table 2. Primers applied
名称 序列(5′-3′) rbcLF ATGTCACCACAAACAGARACTAAAGC rbcLR GTATCCATTGCGGCAAACTC LcF CCGGAGAAGAAAATCAATTTATTGC MpF GCGAAGAAATGATGAAAAGAGGTAT LmR CATTTCCCCACGGATGTCCTAA
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