猪巨细胞病毒福建株gB基因的克隆和序列分析

陈如敬; 周伦江; 吴学敏; 车勇良; 王晨燕; 王隆柏; 黄晓凤; 严山; 刘玉涛; 魏宏

doi:10.19303/j.issn.1008-0384.2017.01.002

猪巨细胞病毒福建株gB基因的克隆和序列分析

doi: 10.19303/j.issn.1008-0384.2017.01.002

福建省农业科学院畜牧兽医研究所/福建省畜禽疫病防治工程技术研究中心, 福建福州 350013

基金项目:

福建省畜禽疫病防控技术重大研发平台项目 2014N2003

福建省科技计划项目——省属公益类科研院所基本科研专项 2014R1023-16

福建省科技计划项目——省属公益类科研院所基本科研专项 2014R1023-13

详细信息

通讯作者:
周伦江 (1973-), 男, 研究员, 博士, 主要从事动物传染病研究 (E-mail:lunjiang@163.com)

中图分类号: S852
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出版历程
- 收稿日期: 2016-07-25
- 修回日期: 2016-10-13
- 刊出日期: 2017-01-01

Cloning and Sequencing of gB Gene from Porcine Cytomegalovirus Isolated in Fujian

Institute of Animal Husbandry and Veterinary Medicine, Fujian Academy of Agricultural Sciences/Fujian Animal Diseases Control Technology Development Center, Fuzhou, Fujian 350013, China

摘要

摘要: 为明确猪巨细胞病毒福建株（PCMV-FJ01）的gB基因特征，根据其序列特征，设计特异性引物对其进行分段扩增，并对目的片段进行克隆测序。结果发现，PCMV-FJ01株gB基因全长为2 580 bp，编码859个氨基酸；其和GenBank数据库中的PCMV分离株的gB基因的核苷酸和氨基酸同源性分别均在98.3%和97.9%以上。此外，本研究还发现部分（约50%）PCMV代表株的gB基因存在ACA三核苷酸缺失（436位氨基酸存在谷氨酰胺Q的缺失）。除ZZ株外，PCMV不同分离株的gB基因是否存在基因缺失和其遗传进化正相关。
- 猪巨细胞病毒 /
- gB基因 /
- 克隆 /
- 序列分析
Abstract: Based upon the characterization of gB gene retrieved from GenBank, specific primers were selected to amplify the gB gene of porcine cytomegalovirus (PCMV) FJ01 isolated in Fujian. The target PCR fragments were then cloned and sequenced. The gB gene was found to have 2 580 nucleotides, encoding 859 amino acids. Its homologies on nucleotide and amino acid sequences with the data at GenBank were greater than 98.3% and 97.9%, respectively. In addition, nearly half of the PCMV isolates had a same ACA nucleotide deletion in their gB genes that correlated to the phylogenetic evolution of the isolates, except ZZ strain.
- porcine cytomegalovirus /
- gB gene /
- clone /
- sequence analysis

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图 1 猪巨细胞病毒的检测和gB基因扩增

Figure 1. PCR analysis and gB gene amplification for PCMV-FJ01

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图 2 猪巨细胞病毒gB基因核苷酸同源性比较

Figure 2. Homology on nucleotides of PCMV gB

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图 3 猪巨细胞病毒gB基因编码的氨基酸同源性比较

Figure 3. Homology on amino acids of PCMV gB protein

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图 4 猪巨细胞病毒gB基因遗传进化分析

Figure 4. Phylogenetic analysis based on gB gene of PCMV

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表 1 供试引物序列

Table 1. Primers used in this study

名称	引物	序列 (5′-3′)	大小	文献
检测	PCMVF1	ACC GTC TGA GAG ACT GAA CTT CTC TGA CAC	431	[10]
	PCMVR1	CCC TGA TCT TAA ATG ACG AGG ACG TGAC
gB-Ⅰ	gB1F1	ATG TTT GCG GTC TCT TGT CA	1252	TS
	gB1R1	TCT GTT TTG TTG TGT GTA TTG TTA
gB-Ⅱ	gB2F2	ACC GAA TAC GAG TGT GTG AA	1487
	gB2R2	TAA AGA ATG TCA TGC CCG TCA
注：TS表示本研究设计针对gB基因的引物。

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表 2 猪巨细胞病毒参考株信息

Table 2. Information on PCMV reference strains

GenBank号	名称	时间	地点	文献
AF268039	B6	2001	英国	[11]
AF268041	OF-1	2001	日本	[12]
AF394056	1469	2001	瑞典	[11]
FJ870562	ZZ	2008	中国河南	NA
FJ870563	JH	2008	中国浙江	NA
HQ686080	HN0901	2010	中国湖南	[13]
JN701021	SC	2009	中国四川	NA
KC342278	SCMY02	2012	中国四川	[6]
KC342287	SCYB02	2012	中国四川	[6]
KF017583	BJ09	2009	中国北京	[14]
LC064808	J1	2015	日本	NA

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