石蝉草内生细菌多样性及其特征

靳松; 陈泽斌; 李育川; 夏体渊; 任禛; 莫丽玲; 华金珠

doi:10.19303/j.issn.1008-0384.2016.10.019

石蝉草内生细菌多样性及其特征

doi: 10.19303/j.issn.1008-0384.2016.10.019

靳松^{1, 2,},
陈泽斌^1, ,,
李育川¹,
夏体渊¹,
任禛¹,
莫丽玲¹,
华金珠¹

1.
昆明学院农学院, 云南昆明 650214
2.
云南省高校特色生物资源开发与利用重点实验室, 云南昆明 650214

基金项目:

云南省教育厅科学研究基金项目 2015Y393

昆明学院科学研究项目 XJZD1605

昆明学院大学生科研项目 XJD16082

昆明学院人才引进项目 YJL14005

详细信息

作者简介:
靳松(1984-), 男, 硕士, 研究方向:植物内生微生物(E-mail:ibmjs@163.com)

通讯作者:
陈泽斌(1985-), 男, 博士, 副教授, 研究方向:植物内生微生物(E-mail:zbchenkmu@163.com)

中图分类号: Q939.96
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出版历程
- 收稿日期: 2016-05-21
- 修回日期: 2016-07-03
- 刊出日期: 2016-10-01

Diversity and Characteristics of Endophytic Bacteria Isolated from Peperomia dindygulensis Miq

1.
Agriculture College, Kunming University, Kunming, Yunnan 650214, China
2.
Key Laboratory of Special Bilogical Resource Development and Utilization of Universities in Yunnan Province, Kunming, Yunnan 650214, China

摘要

摘要: 采用菌落表征性状统计和16S rRNA基因序列分析法，对石蝉草根、茎、叶内生细菌的数量分布、群落组成和遗传多样性进行初步研究。从各组织器官中分离出内生细菌383株，通过菌落表征性状，以类平均连锁聚类法进行聚类分析，在欧氏距离为0的水平上可聚为19个亚群。多样性分析结果表明，19个亚群隶属于8属13种；其数量表现为叶>根>茎，多样性表现为茎>叶>根，其中鞘氨醇单胞菌属Sphingomonas和寡养单胞菌属Stenotrophomonas为石蝉草内生细菌的优势属。
- 石蝉草 /
- 内生细菌 /
- 多样性 /
- 16S rRNA
Abstract: Statistical classification of colony characteristics and 16S rRNA gene sequencing were performed to obtain the information on the quantitative distribution, community composition, and diversity of endophytic bacteria in the roots, stems and leaves of Peperomia dindygulensis Miq. A total of 383 endophytic bacteria were isolated and clustered according to their colony characteristics. After the average linkage clustering, the groups were divided into 19 subgroups at the Euclidean distance of 0 level. The subgroups were phylogenetically classified into 8 genera and 13 species based on their partial 16S rDNA sequences. The quantities of endophytic bacteria in the tissues were in order of leaves > roots > stems; and, the diversity of the bacteria, stems > leaves > roots. The predominant endophytic bacteria in P. dindygulensis Miq were found to belong to the genera of Sphingomonas and Stenotrophomonas.
- Peperomia dindygulensis Miq /
- endophytic bacteria /
- diversity /
- 16S rRNA

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图 1 内生细菌表征性状聚类分析树状图

注：Clu为表观群; Sub为亚群; No.为内生细菌菌株编号。

Figure 1. Dendrogram of endophytic bacteria based on clustered characteristics

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图 2 内生细菌16S rDNA序列构建的系统发育树

Figure 2. Phylogenetic tree of endophytic bacteria based on 16S r DNA gene sequences

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表 1 亚群菌落形态特征

Table 1. Colonial morphology of sub-clusters

亚群	菌株	菌落形态	分离株数			所占比例/%
亚群	菌株	菌落形态	根	茎	叶	所占比例/%
SA-1	Y1	点状、湿、黄色、有光泽、表面凸起、边缘整齐、不透明	2	20	244	69.45
SA-2	Y3	圆形、直径2~3 mm、湿、乳白、有光泽、表面凸起、边缘整齐、半透明	0	6	4	2.61
SA-3	G4	圆形、直径2~3 mm、湿、乳白、有光泽、表面凸起、边缘整齐、不透明	3	0	0	0.78
SA-4	J8	圆形、直径1~2 mm、湿、白色、有光泽、表面凸起、边缘整齐、不透明	0	4	0	1.04
SA-5	G7	圆形、直径1~2 mm、湿、乳黄、有光泽、表面凸起、边缘整齐、透明	51	0	0	13.32
SB-1	Y4	形状不规则、长7~8 mm、黏稠、乳白、无光泽、中间凸起、边缘不整齐、不透明	0	0	3	0.78
SB-2	J5	形状不规则、长6~8 mm、湿、乳白、无光泽、中间凸起、边缘不整齐、不透明	0	7	0	1.83
SB-3	G3	形状不规则、长7~8 mm、黏稠、白色、无光泽、中间凸起、边缘不整齐、不透明	10	0	0	2.61
SB-4	Y5	形状不规则、长6~7 mm、干、白色、无光泽、表面凸起褶皱、边缘不整齐、不透明	0	0	1	0.26
SB-5	J7	形状不规则、长5~7 mm、干、乳白、无光泽、表面凸起褶皱、边缘不整齐、不透明	0	1	0	0.26
SB-6	G6	形状不规则、长5~6 mm、干、乳白、无光泽、中间凸起、边缘不整齐、不透明	1	0	0	0.26
SC-1	Y8	形状不规则、长3~4 mm、湿、乳白、有光泽、表面凸起褶皱、边缘不整齐、半透明	0	0	1	0.26
SD-1	Y6	圆形、直径4~5 mm、黏稠、乳白、无光泽、表面内凹、边缘整齐、不透明	0	0	1	0.26
SD-2	Y9	圆形、直径4~5 mm、湿、乳白、有光泽、中间凸起、边缘整齐、半透明	0	0	4	1.04
SD-3	J4	圆形、直径5~6 mm、黏稠、乳白、有光泽、中间凸起、边缘整齐、半透明	0	6	0	1.57
SD-4	G5	圆形、直径4~5 mm、湿、白色、有光泽、中间凸起、边缘整齐、不透明	1	0	0	0.26
SD-5	J9	圆形、直径3~4 mm、湿、乳白、有光泽、表面内凹、边缘整齐、半透明	0	1	0	0.26
SD-6	Y7	圆形、直径5~6 mm、干、乳白、无光泽、表面扁皱、边缘整齐、半透明	0	1	1	0.52
SE-1	G1	水渍状、长25 mm、湿、乳白、无光泽、表面凹凸不平、边缘不整齐、半透明	8	1	1	2.61

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表 2 石蝉草内生细菌的种类组成

Table 2. Species of endophytic bacteria isolated from P. dindygulensis Miq

菌株	相近的属、种	登录号	序列相似性/%
G6 J7 Y5	Bacillus subtilis	KT957306.1	100
Y8	Bacillus licheniformis	KM289130.1	100
Y7	Bacillus altitudinis	KT758448.1	100
Y6	Bacillus pumilus	KT003271.1	100
J5	Bacillus anthracis	AB190217.1	98
G1 G3 Y4	Bacillus cereus	KC692201.1	99~100
J8	Staphylococcus haemolyticus	JX293294.1	97
G4	Viridibacillus arenosi	JF899298.1	100
G5 J4 Y9	Lysinibacillus fusiformis	KP334988.1	99
J9	Paenibacillus sp	KF011612.1	99
G7	Stenotrophomonas rhizophila	KM096602.1	100
Y3	Rhizobium sp	KR067598.1	100
Y1	Sphingomonas aeria	KJ572399.1	99

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