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4种不同土壤微生物DNA提取方法对DGGE分析微生物群落的影响

吕新 陈丽华 李玥仁

吕新, 陈丽华, 李玥仁. 4种不同土壤微生物DNA提取方法对DGGE分析微生物群落的影响[J]. 福建农业学报, 2012, 27(4): 367-372.
引用本文: 吕新, 陈丽华, 李玥仁. 4种不同土壤微生物DNA提取方法对DGGE分析微生物群落的影响[J]. 福建农业学报, 2012, 27(4): 367-372.
LV Xin, CHEN Li-hua, LI Yue-ren. Effect of DNA Extraction on DGGE Analysis of Microbial Community in Soil[J]. Fujian Journal of Agricultural Sciences, 2012, 27(4): 367-372.
Citation: LV Xin, CHEN Li-hua, LI Yue-ren. Effect of DNA Extraction on DGGE Analysis of Microbial Community in Soil[J]. Fujian Journal of Agricultural Sciences, 2012, 27(4): 367-372.

4种不同土壤微生物DNA提取方法对DGGE分析微生物群落的影响

基金项目: 

农业部转基因生物新品种培育科技重大专项(2009ZX08011-029B)

详细信息
    通讯作者:

    李玥仁(1966-),男,研究员,博士,主要从事生物多样性研究(E-mail:yuerenli@yahoo.com.cn)

  • 中图分类号: S 154.36

Effect of DNA Extraction on DGGE Analysis of Microbial Community in Soil

  • 摘要: 分别应用高盐法、玻璃珠破碎法、冻融法和试剂盒法4种不同土壤微生物DNA提取方法提取水稻稻田土壤微生物DNA,并通过细菌16S rRNA V3区通用引物GC338f-530R和真菌18S rRNA特异性引物NS1-GCFung进行PCR扩增结合变性梯度凝胶电泳(CGGE)分析,对4种DNA提取方法进行评价。结果表明,玻璃珠破碎法和试剂盒法提取的DNA均能满足土壤微生物多样性分析的要求;其中试剂盒方法操作简单,提取的DNA 质量较高,但DNA 产量较低且成本昂贵;玻璃珠破碎法用时较长,步骤繁琐,DNA产量较高,纯度较低,但对后续PCR扩增和DGGE分析没有明显影响,且成本低廉。
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    [2] BOURRAIN M, ACHOUAK W, URBAIN V, et al. DNA extraction from activated sludges[J]. Current microbiology,1999, 38(6): 315-319.
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出版历程
  • 收稿日期:  2012-03-23
  • 修回日期:  2012-04-15
  • 刊出日期:  2012-04-30

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